ریخت‌شناسی ماهی‌ها عمدتاً شامل بررسی ویژگی‌های ظاهری آنهاست. این ویژگی‌ها شامل شکل کلی بدن، شکل باله‌ها، دهان، فلس‌ها و سایر اندام‌های واقع بر روی بدن است. ماهی‌ها در طی سیر تکاملی خود تغییرات بسیاری نسبت به نیای دوکی شکل خودکرده‌اند و در نتیجه ماهی‌های کنونی آن چنان متنوع‌اند که دسته‌بندی و تعریف آنها به طور مختصر مشکل است. نیای دیرین ماهی‌ها از نظر شکل کلی احتمالاً چیزی شبیه دندان‌مخروطی‌ها یا طنابداران اولیه امروزی آمفیوکسوس بوده‌است. در بین زیاگان کامبرین میانی بورگس شیل غرب کانادا، سنگواره طنابدارمانند کمیابی به نام پایکایا وجود دارد که به نظر می‌رسد بدن دوکی شکل با یک سری میوتوم‌های V شکل همانند آمفیوکسوس دارد که در طول نوتوکورد پشتی قرار گرفته‌اند. ولی هنوز دانسته‌های ما در مورد منشأ اولیه ماهی‌ها اندک است.
